中文网站
Nat Med | Ny fomba fiasa multi-omics amin'ny fametahana sarintany ny fivontosana mitambatra, ny tontolon'ny immune ary ny mikraoba amin'ny homamiadan'ny koloro dia manambara ny fifandraisan'ny microbiome amin'ny rafi-kery fanefitra.
Na dia nodinihina be aza ny biomarkers ho an'ny homamiadan'ny tsinaibe voalohany tato anatin'ny taona vitsivitsy, ny torolàlana klinika amin'izao fotoana izao dia tsy miankina afa-tsy amin'ny fizotran'ny tumor-lymph node-metastasis sy ny fahitana ny tsy fahampian'ny ADN mismatch repair (MMR) na ny tsy fahatomombanan'ny microsatellite (MSI) (ankoatra ny fitsapana pathology mahazatra. ) mba hamaritana ny tolo-kevitra momba ny fitsaboana. Ny mpikaroka dia nanamarika ny tsy fahampian'ny fifandraisana misy eo amin'ny valin'ny immune mifototra amin'ny fanehoana ny fototarazo, ny mombamomba ny mikraoba, ary ny stroma tumor ao amin'ny vondrona kanseran'ny koloroola Cancer Genome Atlas (TCGA) sy ny fahaveloman'ny marary.
Rehefa nandroso ny fikarohana, dia voalaza fa misy ifandraisany be amin'ny vokatry ny klinika ny toetoetran'ny homamiadan'ny koloro voalohany, anisan'izany ny homamiadan'ny sela, ny immune, ny stromal, na ny microbial ny homamiadana, saingy mbola voafetra ihany ny fahatakarana ny fiantraikan'ny fifandraisan'izy ireo amin'ny vokatry ny marary. .
Mba hanavahana ny fifandraisana misy eo amin'ny fahasarotana sy ny vokany, ekipa mpikaroka avy ao amin'ny Sidra Institute of Medical Research any Qatar vao haingana no namolavola sy nanamarina ny isa mitambatra (mICRoScore) izay mamaritra vondron'olona manana taham-pahavelomana tsara amin'ny fampifangaroana ny toetran'ny microbiome sy ny fandavana ny hery fiarovana. tsy miova (ICR). Ny ekipa dia nanao famakafakana génomika feno momba ny santionany mangatsiaka vaovao avy amin'ny marary 348 voan'ny kanseran'ny koloro voalohany, ao anatin'izany ny fizotry ny RNA amin'ny fivontosana sy ny tavy colorectal salama, ny fisehon'ny exome manontolo, ny mpandray T-cell lalina ary ny fizotry ny fototarazo rRNA bakteria 16S, ary ny fivontosana manontolo. genome sequencing mba hamaritana bebe kokoa ny microbiome. Ny fanadihadiana dia navoaka tao amin'ny Nature Medicine ho "Tour integrated, immune and microbiome atlas of cancer colon".
Lahatsoratra nivoaka tao amin'ny Nature Medicine
AC-ICAM Overview
Nampiasa sehatra génomika orthogonal ny mpikaroka mba hamakafaka ireo santionan'ny fivontosana mangatsiaka vaovao ary mifanandrify amin'ny tavy tsinaibe salama mifanakaiky (miara-normaly) avy amin'ireo marary voan'ny homamiadan'ny tsinaibe tsy misy fitsaboana rafitra. Miorina amin'ny sequencing whole-exome (WES), ny fanaraha-maso ny kalitaon'ny data RNA-seq, ary ny fanaraha-maso ny fepetra fampidirana, ny angon-drakitra génomika avy amin'ny marary 348 dia nohazonina ary nampiasaina ho an'ny famakafakana ambany miaraka amin'ny fanaraha-maso median 4.6 taona. Ny ekipa mpikaroka dia nanonona ity loharano ity Sidra-LUMC AC-ICAM: Sarintany sy torolalana ho an'ny fifandraisana amin'ny immuno-cancer-microbiome (sary 1).
Fanasokajiana molekiola mampiasa ICR
Ny fisamborana andian-tsarimihetsika maoderina maoderina ho an'ny immunosurveillance homamiadana mitohy, antsoina hoe immune constant of rejection (ICR), ny ekipan'ny mpikaroka dia nanatsara ny ICR tamin'ny alàlan'ny fanamafisana azy ho takelaka 20-gen mandrakotra karazana homamiadana isan-karazany, anisan'izany ny melanoma, kanseran'ny tatavia, ary kanseran'ny nono. Ny ICR koa dia mifandray amin'ny valin'ny immunotherapy amin'ny karazana homamiadana isan-karazany, anisan'izany ny homamiadan'ny nono.
Voalohany, nohamarinin'ny mpikaroka ny sonia ICR an'ny vondrona AC-ICAM, amin'ny fampiasana fomba fiasa miaraka amin'ny fanasokajiana ny fototarazo ICR mba hanasokajiana ny vondrona ho vondrona telo / subtypes immune: ICR avo (fivontosana mafana), ICR antonony ary ICR ambany (mangatsiaka). fivontosana) (sary 1b). Ny mpikaroka dia nanamarika ny hery fiarovana mifandray amin'ny consensus molecular subtypes (CMS), fanasokajiana mifototra amin'ny transcriptome momba ny homamiadan'ny tsinaibe. Ny sokajy CMS dia nahitana CMS1/immune, CMS2/canonical, CMS3/metabolic ary CMS4/mesenchymal. Ny fanadihadiana dia naneho fa ny isa ICR dia nifanaraka tamin'ny lalan'ny sela homamiadana sasany amin'ny karazana CMS rehetra, ary ny fifandraisana tsara amin'ny lalan'ny immunosuppressive sy ny stromal dia tsy hita afa-tsy amin'ny tumors CMS4.
Ao amin'ny CMS rehetra, ny habetsahan'ny sela voajanahary voajanahary (NK) sy ny sela T dia avo indrindra amin'ny karazana fiarovana avo lenta ICR, miaraka amin'ny fiovaovan'ny hafa amin'ny leokocyte hafa (sary 1c). ao amin'ny ICR avy amin'ny ambany ka hatramin'ny avo (sary 1d), manamarina ny anjara andraikitry ny ICR amin'ny homamiadan'ny koloro.
Sary 1. Famolavolana fandalinana AC-ICAM, sonia fototarazo mifandraika amin'ny hery fiarovana, subtypes immune sy molecular ary ny fahavelomana.
Ny ICR dia maka ny sela T izay mampitombo ny fivontosana
Vitsy amin'ny sela T miditra amin'ny sela fivontosana ihany no voalaza fa manokana ho an'ny antigène tumor (latsaky ny 10%). Noho izany, ny ankamaroan'ny sela T ao anatiny dia antsoina hoe sela T mpitazana (sela T mpitazana). Ny fifandraisana matanjaka indrindra amin'ny isan'ny sela T mahazatra miaraka amin'ny TCRs mamokatra dia hita ao amin'ny cellule stromal sy leukocyte subpopulations (hitan'ny RNA-seq), izay azo ampiasaina hanombanana ny subpopulations sela T (sary 2a). Ao amin'ny kluster ICR (amin'ny ankapobeny sy CMS fanasokajiana), ny clonality ambony indrindra ny immune SEQ TCRs dia hita ao amin'ny ICR-avo sy CMS subtype CMS1 / vondrona immuno (sary 2c), miaraka amin'ny ampahany ambony indrindra ICR-avo tumors. Ny fampiasana ny transcriptome manontolo (genes 18,270), ny fototarazo ICR enina (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, ary CXCL10) dia anisan'ireo fototarazo folo ambony mifandray tsara amin'ny TCR immune SEQ clonality (sary 2d). Ny immunoSEQ TCR clonality dia mifandray mafy kokoa amin'ny ankamaroan'ny fototarazo ICR noho ny fifandraisana hita amin'ny fampiasana marika CD8 + mamaly ny tumor (sary 2f sy 2g). Ho fehin-kevitra, ny famakafakana etsy ambony dia milaza fa ny sonia ICR dia misambotra ny fisian'ny sela T izay mampitombo ny fivontosana, ary mety hanazava ny fiantraikan'izany.
Sary 2. Ny metrika TCR sy ny fifandraisana amin'ny fototarazo mifandraika amin'ny hery fiarovana, ny subtypes immune ary molekiola.
Famoronana microbiome amin'ny tavy salama sy homamiadana
Ny mpikaroka dia nanao sequence 16S rRNA tamin'ny fampiasana ADN nalaina tamin'ny fivontosana mifanentana sy tavy salama avy amin'ny marary 246 (sary 3a). Ho fanamarinana, ny mpikaroka koa dia nandinika angon-drakitra momba ny fototarazo 16S rRNA avy amin'ny santionany fivontosana 42 fanampiny izay tsy nifanaraka tamin'ny ADN mahazatra azo anaovana fanadihadiana. Voalohany, ny mpikaroka dia nampitaha ny habetsahan'ny flora eo amin'ny fivontosana mifanentana sy ny tavy salama. Ny Clostridium perfringens dia nitombo be tamin'ny tumors raha oharina amin'ny santionany ara-pahasalamana (sary 3a-3d). Tsy nisy fahasamihafana lehibe teo amin'ny fahasamihafan'ny alfa (fahasamihafana sy ny habetsahan'ny karazana ao anaty santionany tokana) eo amin'ny fivontosana sy ny santionany salama, ary ny fihenan'ny fahasamihafan'ny mikraoba dia hita ao amin'ny fivontosana avo ICR mifandraika amin'ny fivontosana ambany ICR.
Mba hamantarana ny fifandraisana misy eo amin'ny klinika eo amin'ny mombamomba ny mikraoba sy ny vokatry ny klinika, ny mpikaroka dia nikendry ny hampiasa angon-drakitra momba ny fototarazo 16S rRNA mba hamantarana ireo endri-javatra mikraoba izay maminavina ny fahavelomana. Ao amin'ny AC-ICAM246, ny mpikaroka dia nanao modely regression OS Cox izay nisafidy endri-javatra 41 miaraka amin'ny coefficients tsy aotra (mifandray amin'ny risika mety maty), antsoina hoe MBR classifiers (sary 3f).
Ao amin'ity vondrona fampiofanana ity (ICAM246), ny isa MBR ambany (MBR <0, MBR ambany) dia mifandray amin'ny risika ambany kokoa amin'ny fahafatesana (85%). Ny mpikaroka dia nanamafy ny fifandraisana misy eo amin'ny MBR ambany (risika) sy ny OS maharitra amin'ny vondrona roa voamarina tsy miankina (ICAM42 sy TCGA-COAD). (sary 3) Ny fanadihadiana dia nampiseho fifandraisana matanjaka teo amin'ny endogastric cocci sy ny MBR, izay mitovy amin'ny fivontosana sy ny taolana salama.
Figure 3. Microbiome amin'ny fivontosana sy ny tavy salama ary ny fifandraisana amin'ny ICR sy ny fahaveloman'ny marary.
Famaranana
Ny fomba fiasa multi-omics ampiasaina amin'ity fandalinana ity dia ahafahana mamantatra sy manadihady tsara ny sonia molekiola amin'ny valin'ny immune amin'ny homamiadan'ny koloro ary manambara ny fifandraisana misy eo amin'ny microbiome sy ny hery fiarovana. Ny filaharan'ny TCR lalina amin'ny fivontosana sy ny tavy salama dia nanambara fa ny fiantraikan'ny ICR dia mety noho ny fahafahany misambotra ireo clones sela T misy antigène manokana ary mety ho voan'ny tumor.
Amin'ny famakafakana ny firafitry ny microbiome tumor amin'ny alàlan'ny fizotry ny fototarazo 16S rRNA amin'ny santionany AC-ICAM, ny ekipa dia namaritra sonia microbiome (mariky ny risika MBR) manana sanda prognostika matanjaka. Na dia avy amin'ny santionan'ny fivontosana aza io sonia io, dia nisy fifamatorana mahery vaika teo amin'ny colorectum ara-pahasalamana sy ny taham-pahavoazan'ny MBR, izay nanoro hevitra fa ity sonia ity dia mety hisambotra ny firafitry ny microbiome amin'ny marary. Amin'ny fampifangaroana ny isa ICR sy MBR dia azo atao ny mamantatra sy manamarina ny biomarker mpianatra multi-omic izay maminavina ny fahaveloman'ny marary voan'ny kanseran'ny tsinaibe. Ny angon-drakitra maro-omic an'ny fandalinana dia manome loharanom-pahalalana bebe kokoa momba ny biolojian'ny homamiadan'ny tsinaibe ary manampy amin'ny fitadiavana fomba fitsaboana manokana.
Fotoana fandefasana: Jun-15-2023
Fikirana manokana